500年にわたり、七つの国が争い続ける中国春秋戦国時代。戦災孤児として育った信は、亡き親友と瓜二つの秦の国王・嬴政と出会う。運命に導かれるように若き王と共に中華統一を目指すことになった信は、「天下の大将軍になる」という夢に向けて突き進んでいた。
そんな彼らを脅威が襲う。秦国への積年の恨みを抱く隣国・趙の大軍勢が、突如、秦への侵攻を開始。残忍な趙軍に対抗すべく、嬴政は、長らく戦から離れていた伝説の大将軍・王騎を総大将に任命する。決戦の地は馬陽。これは奇しくも王騎にとって因縁の地だった…。
出撃を前に、王騎から王としての覚悟を問われた嬴政が明かしたのは、かつて趙の人質として深い闇の中にいた自分に、光をもたらしてくれた恩人・紫夏との記憶。その壮絶な過去を知り、信は想いを新たに戦地に向かう。100人の兵士を率いる隊長になった信に、王騎は『飛信隊』という名を授け、彼らに2万の軍勢を率いる敵将を討てという無謀な特殊任務を言い渡す。
失敗は許されない。秦国滅亡の危機を救うため、立ち上がれ飛信隊!